Las Líneas de Generación y/o Aplicación del Conocimiento en el Doctorado en Métodos de Solución de Conflictos y Derechos Humanos son: 1. Justicia Efectiva. 2. Derechos humanos. Estas líneas de investigación se vinculan con investigaciones que realizan el Grupo de Investigación Derechos humanos, Métodos de Solución de Conflictos y Justicia Restaurativa (DHMSCyJR), el Cuerpo Académico de Estudios de Derecho Público (EDP), el Grupo de Investigación Estudios Regionales y Cultura Material (ERyCM), el Grupo de Investigación Derechos humanos, Medio Ambiente y Estudios de Género (DHMAyEG), y el Cuerpo Académico Problemas Sociohistóricos de Educación Género y Cultura (PSEGyC).

• Justicia efectiva

Esta línea de investigación tiene su fundamento en los artículos 16, 17 y 18 Constitucional y está enfocada a los estudios de la justicia alternativa a través de métodos no jurisdiccionales como la mediación, negociación, conciliación, arbitraje y justicia restaurativa, comprendiendo nuevos paradigmas de la justicia para las personas que enfrentan problemas y conflictos de tipo social, económico, comercial, civil, mercantil, familiar, político, educativo, laboral o comunitario, puedan a través de técnicas flexibles ser partícipes en la gestión o resolución de sus conflictos de manera más rápida y menos costosa que acudiendo a los sistemas de justicia tradicional.

• Derechos humanos

Esta línea de investigación tiene su fundamento en el artículo 1° Constitucional y en los Tratados Internacionales de Derechos humanos; está enfocada a estudiar la obligación fundamental que tienen todas las autoridades de promover, respetar, proteger y garantizar los derechos humanos bajo los principios fundamentales de universalidad, interdependencia, indivisibilidad y progresividad. Investigar las causas que generan violación a derechos humanos de las personas como acceso a la justicia regulado constitucional o convencionalmente, esto debido a que si bien los códigos prevén los procesos, los plazos y los términos como se debe de procurar, administrar e impartir la justicia, debido al saturamiento de los tribunales y autoridades legitimadas para ello, los procesos son tardados y además poco claros, ante tales situaciones, la misma sociedad conjuntamente con el Estado se encuentra hoy buscando otras alternativas para resolver los conflictos, así como el fomento de la cultura de la paz y de la legalidad.